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未审问。及至开庭审问之日，这两个校尉则给维持秩序的文官所阻挡，不得入内参与分听。
如是情状据实报告到皇帝跟前，致使龙颜大怒。万历对于大常寺和大兴县的冲突并无兴趣，他所以震怒，乃是文官们拒绝校尉旁听，明明是故意和他过不去，因之已不能对此表示沉默。于是他一面让宦官口传圣旨向文渊阁提出质问，一面声称他要把这一案件移交东厂镇抚司审问。这时，首辅申时行又以和事佬的身分出现，劝说李世达向皇帝赔礼道歉。李世达照此办理，皇帝因而得以保全面子，取得了精神胜利。可惜的是这精神上的胜利维持的时间未免过短，几个月之后，文臣们又找到了管理东厂宦官张鲸的差错，群起而攻之。
检举张鲸的奏章中指斥他与某些文官勾结，并且接受贿赂。其所列举的罪状看来都凿凿有据，只是当时勾结为奸，纳贿贪财的一段罪状也可以加之于许多高级廷臣身上，写奏呈的人似乎全米计及。张鲸事后感慨，由于他的嘴巴说话太多，所以才招致了那么多的攻击，不能算是事出无困。只是根本的原因还是在于机构本身，其职务与文臣的利害相违。万历一朝的冲突，文臣占优势，与天启朝厂卫跋扈、提骑气焰冲天的情形恰为尖刻的对照。
起初，万历皇帝还没有意识到事态的严重，他以为对张鲸作一番口头申斥就足以了事。廷臣见参劾无效，索性一不做二不休，准备参劾全部的大学士。以造成张鲸不除、内阁也别想安生的舆论压力。由于群情鼎沸，万历只好承认失败，把张鲸免职。据当时接近皇帝的人透露，这件事曾使皇帝大为伤心。但就在张鲸将去未去之时，尚有一个下级官员不知道皇帝已经屈服，竟然又上了一个奏本，说张鲸如此难去，想必是皇帝陛下也接受了他的贿赂。这种无礼的奚落使这位官员挨了六十廷杖，但是年轻的皇帝却为此而更加心灰意懒。他本来已经对早朝和经筵感到极度厌倦，至此他拿定主意，今后再也不愿意公开接见这些不诚实的、口是心非的臣僚了。他隐居在深宫里，唯一能和他呼吸相通、忧患与共的就是贵妃郑氏。
多年之后，申时行辞职家居，追思往事，他既不埋怨皇上，也不指责自己。他在著作中只是提到了年轻人不知世务，轻举妄动，以致弄得事情不可收拾。他回忆起在他担任首辅八年半的时间中，曾经有过一个绝好的机会禁助皇帝成为尧舜之君。此即1585年张居正一案落实之后、1586年初常询尚未出生之前的几个月。然而这机缘却又这样地短暂，他稍一忽视，就一去而不可再得。
当时的万历皇帝真是精神焕发、励精图治；对申先生提出的要求也全力以赴，极为难得。在我们形式化的政府中，表面即是实质。皇帝既能热心参与各种典礼，就充分表示了他的诚意，足以策励臣工趋向勤俭笃实。申时行只要闭起眼睛，就立刻会在记忆中浮起当年皇上步行折雨的一幕情景。这件事发生于1585年，岁次乙酉，即当日“万历之治”可能成为现实的短时间内。
这次祈雨与往常不同。在经过的仪式中，万历第一次也是最后一次向普天之下表示了他关心民痪的诚意。1584年入冬以来，北京一带就缺少雨雪。次年春夏之间亢导更甚，河流见底，并中无水可汲。御前对此极为焦虑，在命令各个地方官求雨无效之后，他决定亲自向上天祈祷。所采用的祈祷的仪式，一部分由礼部在档案中参考成例草拟，但具体细节却出于皇帝御制，比如要求全体人员徒步走赴天坛围丘而置轿马于不用，就完全是他自己的主意。
仪式举行的前三天，皇帝已经斋戒、前一天，他又在宫中奉先殿默告祖宗，随后又面禀慈圣太后。致上天的表文则亲笔称臣签上朱翊钧的名字，先一日送至南郊神库。
阳历5月16日黎明，皇帝驾到皇极门，他的卫士和随从排开成为一个长方形的队伍。此时礼官报告，各官在大明门整队已毕，皇帝就开始步行出发。
北京的居民从来没有看到过这样在严而朴素的仪式。所有的人员，包括皇帝、文武百官和宦官，一律穿蓝色布袍，颈部和下缘以黑布镶边，平日的金银玉带此时全部不用而代之以牛角带。旗帜和乐队也概行免去。大街左边是两千名文官，右边是两千名武官，都列成单行两相对称，浩浩荡荡，和皇帝一起步行前往天坛。
这些幸运的居民得到了一生中唯一的机会亲眼看到了当今天子。祈雨的队伍经过大街，一切交通当然需要暂停。但是天子平时出行时采取的“除道”措施，即要求全部店铺关门、行人敛迹的规定，这次却免予执行。这也是皇恩浩荡，允许小民有一睹天颜的机会。居民们所看到的万历皇帝是一个相貌端正的年轻人，脸圆须短，身材稍胖。他以如此虔诚的姿态迈着稳重的步伐，使看到的人无不为之感动。
对万历皇帝来说，这十里之遥的长途步行当然不是一件轻松的事情，因为这是他有生以来第一次的如此跋涉，而且当时的天气已愈来愈热。
天坛回丘在北京城南部，为今上的祖父嘉靖皇帝在1530年所建。万历皇帝在这同心圆的最下一层石阶上跪下祈祷，上香之后，又向上天叩头4次。文武百官列队站立在南墙之外，当皇帝跪拜时，赞礼官在暗亨门传赞，百官也依样跪拜如仪。
行礼既毕，皇帝召集大学士、六部尚书和其他高级官员在左权星门外所设的帐篷内发表训辞。万历声称，天时亢旱固然是由于他本人缺乏德行，但同样也是贪官污吏克剥小民、上干天和的结果。现在务必要改弦更张，斥退坏人，引用好人。申时行即席代表全体官员致答辞，声称臣等奉职无状，以致天降抗旱。皇上代表全体臣民祈祷，当然会上格天心。如果还有官吏不能抑体皇上的诚意，臣等一定要严加申饬。万历当即指示把这种要旨公之于天下。1585年5月16目的敕文就体现了这个指示。被文告诫贪赃枉法、酷害百姓的官吏必须痛加改悔，绝不能再把中枢的命令示为具文，如有违不奉行者，定当严惩不贷。同时万历又命令户都在灾害严重的地区免征赋税一年。
仪式结束，准备起驾回它，宦官们让御轿抬到万历跟前，但他坚决不坐，仍和百官步行回宫。这支队伍人数众多，起止需时，到达大明门已经是下午最炎热的时候。队伍刚刚解散，兵部的一个主事就迫不及待地从袖子里抽出一把折扇使劲地挥动。负责纠察的御史发现这一情状，认为其时虽然已经散队，但此人如此不能忍耐，仍然属于失仪。为此这位主事被罚停半年。
申时行侍奉皇帝到皇极门，然后叩头退下。临行时他向万历致以慰问，万历则答林‘先生劳苦”日对这时候首辅固然既饥且渴，极度疲惫，但是相比之下皇帝的任务要更为劳累，他还要到奉先殿去向列祖列宗汇报，汇报完毕还要参见慈圣太后。
申时行不能算是一个迷信的人，从各种记录上都看不出他相信通过占卜祈祷的方式就可以和宇宙的神秘的力量有所来往。他在一次给万历的妻章上说“臣等不习占书，不知事验”足以清楚地说明了他的态度。同时，也不能认为万历是一个过度迷信的人。在选择皇帝陵寝的过程中，廷臣曾因风水问题，展开了激烈的争辩，最后万历表示“当日秦始皇在俪山筑陵，何尝不讲究风水。从这一达观的态度来看，他对风水的信仰，也只能在若有若无之间。
但是迷信与非迷信，其间的分野也可能极为模糊。例如，当一个人强迫自己对一件事情、一种前途建立信念，则其与宗教式的皈依就相去极微。因为凡是一个人处于困境，他就不愿放弃任何足以取得成功的可能性，即使这种可能性极为渺茫，没有根据，他也要把它作为自己精神上的寄托。在这1585年亢旱的初夏，朝廷上下的情形就和此种情况极为接近。当时一天过去又是一天而仍然是骄阳酷日，人们的焦虑也就达到了最大限度。因为每一个人都知道，皇帝的宫廷不能永远建立在一个土地干得发裂的京城里。皇帝亲自出动，以最虔诚的态度和最庄严的仪式向上天求雨，不论是出于迷信，或者其动机是维系人心，最低限度表示了事情并未绝望。希望就产生于这种人为的奋斗之中。他的挣扎，他的自我责备，以及他对臣僚所作的爱民的训示，都可以安慰困窘中的人心，有如一眼清凉剂。他的政府一向认为精神的力量超过实际，因此他这次求雨即是做皇帝克尽厥职的最高表现。
最后，一场甘霖有如千军万马，突然降临到人间。最初是雨中带雹，旋即转为骤雨，稍停以后又是一阵骤雨，雨势一直延续到第二天。这场雨发生在阳历6月12日，距离皇帝徒步天坛求雨已将近一月，但是任何人也不敢妄议这不是圣心感动上苍的结果。皇帝自己也当仁不让，兴高采烈地命令百官感谢上苍的恩典。首席大学士也为他感到高兴，因为在这时候，万历皇帝可以在精神上引以为自慰和自满的机会已经不是很多了。
申时行理解万历的感情，同情他的处境，但是他和其他文臣一样，仍认定皇帝的职分应当在宫殿之内，除了行礼如仪之外，他不应当置身于其他事情之中，以生轻妄的观感。比如说万历想亲自操练兵马，申时行就会和其他文官合作，竭力阻止。朱翊钩是否有军事天才？这一问题没有历史家能够解答，我们所知道的，则是他即使有任何创造的能力，也因为他身着龙袍，贵为天子，而无法施展表现。而在阻止他发挥个性的群臣中，首席大学士申时行的力量虽不显著，却极为重要。
文官们阻止万历亲自操练兵马，他们自认有历史上的先例，因为本朝除了开基创业的祖宗以外，御驾亲征的事例极少。最近一百年内仅仅有一个正德皇帝做过这样的事情，而正德的行动，又被公认为离开了传统的轨道。为人君者，就应该安居垂裳，所以不仅练兵要遭到反对，就是外出旅行也应该在限制之列。今上的祖父嘉靖皇帝一生，仅在1539年一度回到湖广承天府巡视过他的出生之地，此后的27年中就没有离开北京一步。父是隆庆在位5年余，仅仅到京郊谒陵一次，而且为时只有4日。而万历在1583年春天到1585年夏天却已谒陵4次，这毫无疑问是过于频繁了。
尤其使群臣为之不安的是，谒陵这个庄严的典礼竟成了皇帝督视内操的借口。谒陵的随从武装是御林军。这支军队当年经过张居正的同意而在1581年建立，驻在京城东北角，受御马监太监的节制。近年来，这支部队的兵员倍增，训练加紧，每天黎明以前，马队在街上的铁蹄声每每把居民的好梦惊醒。1584年夏天，一个酷暑蒸人的日子，皇帝亲自在皇城内观看御林军的射箭比赛，比赛延续到傍晚才宣告结束。好几个宦官因为受不了酷日的煎炙而晕倒，而皇帝却依旧神清体健。文官们对皇帝过人的精力毫不欣慰，反而接二连三地送上奏本，指责内操的不当。劝说无效，他们就对申时行施加压力，希望首辅运用他的影响使这种操练停止。
从法制上讲，廷臣所提出的冷谏是否具有成宪的根据则很难概说。本朝从没有宣布过皇帝不能亲率禁军。永乐皇帝所用过的长矛一直供奉在午门楼上，就是皇帝带兵的实证。自力正德皇帝的行动虽然大于物议，然而他始终没有向舆论低头。而且以前皇帝的御林军都属于宦官管辖，就此一点，今上的措施也就无法直接批判。因此，文官们只能举出一些道德上的理由，例如兵凶战危，皇上舞剑弄枪有损承平气象等等，其所用辞语显然不能中肯。
然而文官们的意见又岂能完全忽视？他们是本朝政府的支柱。全部文臣既以伦理哲学作为基础推行了现今的统治方式，当然讨厌皇帝亲率禁军，造成文武均衡甚至武高于文的局面。只因为他们又个个都是忠臣，不便站在对等的地位去和皇帝谈判，更不能借势要挟。然则这些不便不能之处却役有使他们放弃初衷，即作净谏时，他们胸中有数，意志坚决，目的不达，决不甘休。
老成练达的申时行善于洞察事情的阴和阳。他知道，道德不过是借口，问题的症结是廷臣的安全感。真相既明，他就采取最有效的方式来解决问题。他不事张扬，悄悄地和宦官们谈判。他后来写下的文章，阐述了此中奥妙。申阁老此时质问御马监的诸宦官：几千个官兵带着武器在皇帝身旁，谁能保证他们中间没有人参与做坏事的阴谋？万一有变，其他警卫人员救护不及，谁负得起这样重大的责任？诸位身为将领，又岂能置身事外？首辅还可能在此时提出江彬的先例，用本朝的历史，引证凡是和文官集团公开作对的人，没有一个能得到善终。即使是皇帝最亲信的人，迟早也会被大众清算。这一番危言耸听的游说取得了预期的效果，用申时行自己的话来说，就是“诸档辣然”
带兵的宦官既已为申时行的言辞所震慑，他们不再愿意参与内操，转而劝说皇帝放弃亲率禁军。这种釜底抽薪的对、法，为效极显；而且皇帝不是一个没有理智的人，他知道如果坚执己意，他和臣下的冲突势必与他叔祖正德一朝的情况相类似。他既不愿意走此极端，迟早就得让步，所以从这时起他就对禁军逐渐不加过问。1585年之后，御马监勇士相次为人遗忘，禁军这一组织也就逐渐于无形中瓦解。
申时行以办理外交的方式来主持内政，御林军事件的顺利结束，更证明了这种方式确实卓有成效。他欣赏自己“从中调剂，就事匡维”这一处世和执政的原则，对待皇帝的办法则是“显谏者不若潜移为妙”因为这种办法既对皇帝的权威无损，而臣下的目的又可以达到，这比之于臣下在奏章上奚落昏庸的皇帝，而皇帝用荆条痛打犯上的群臣总要高明得多。申时行所始料未及的，就是万历皇帝比他申先生又更高一手，他看透了这种斗争的真情实相，知道自己生气都属无效，莫若用“无为”的办法，对付所有的纠缠，因之他的消极也越来越彻底了。
自从1585年以后，万历除了仅仅于1588年对自己的定陵再度视察过一次以外，30多年，他没有走出过紫禁城一步，创造了自古至今的最高纪录。
皇帝离开京城不到百十里竟然会成为一个严重问题，也是当日国家组织的特别现象。万历于1583年至1585年之间的四次谒陵，其真正的目的是在寻觅及视察他自己的葬身之地。然则既要经过祖墓的附近，渴祭即不可免。既为谒陵，种种仪式自然应当周到齐备。因之每次出发以前，利部必须斟酌成例，拟订各种详情细节，有的陵墓由皇帝亲自祭谒，有的则由驸马等人代为行礼。御驾每次出动，京城立刻戒严，每一座城门都由一位高级文臣和武将共同把守。皇弟潞王当时尚未成年，他的任务是把铺盖搬到德胜门的城楼上居住，密切监视御驾必经之路。这支谒陵队伍声势十分浩荡显赫，其中有陪同皇帝的两位皇太后和皇后皇妃，加上随从的宦官宫女、文官武将、大汉将军、御马监勇士、京军等等，人数多达几千。到了郊外，皇帝及其家属住在佛寺里，对其他随从人员则临时搭盖帐篷以供休息住宿，这一切要先期准备周详，不能少有差错。
在这几十里的道途上，一些地方官、青老以及学校的教官被引导在御前行礼。皇帝对他们慰勉有加，并宣布他所经过的地区免税一年，以酬答当地居民对他这一行所作的供奉。
这样的队伍和排场，两年半之内要组织四次，延臣就感到是过于频繁了。于是，使皇帝扫兴的事情就纷至沓来。北方边镇驰报蒙古部落颇有蠢动的征象，叩清御驾谨慎小心；利部的官员据此坚请皇帝缩短出行的时日。有一次，皇帝的侍卫旁边发生逸马狂奔的非常事件，又有一次有若干文官误入禁地，这些都由御史据实奏报御前，以期引起应有的警惕。经过这些周折，本来应该是很愉快的小事游想已全无乐趣之可言。1589年万历曾经表示还想出巡一次，监察官听到以后立刻上书净谏。他们说，皇上已经感到自己火气过旺，必须放弃早朝以事休养，那么就更不应该出城游玩而使火气增加。皇帝读完这些奏章，从此就没有再提出巡一事。
万历所巡视的为自己领筑的陵墓动土于1584年的夏季。这项巨大的工程微妙地体现了把皇帝不当作一个有血有肉的人，而把他当作一种机构的看法。万历皇帝缺乏坚强的意志和决心，但并不缺乏清醒和机灵的头脑，然而他竟欣然接受了这种精神上的活埋。
陵墓内的葬室筑有停放样官的石床。石床上留出来的位置共有三个，除了皇帝和皇后以外，还有一个位置留给下一代皇帝的生母。万历目睹之余，不禁感慨系之。他所心爱的女人即使不能在生前成为皇后，在死后也应当陪伴在他的身旁。否则，他和世界上唯一能够合相印的女人在皇城的寺院里双双桥涛又所为何来呢？朱翊钧在生之日有妃嫔数十，宫女无数，可是与皇贵妃郑氏始终形影不离。可见生死同心，是他们的宿愿。这样美好的宿愿又是否能成为现实呢？当日皇帝想到这些，这大峪山的工程，就又和立储一事相始终而不可分割了。
皇帝在世之日预筑陵寝，在本朝有洪武、永乐、嘉靖三朝的成例可援。其不同之处，在于定陵竟然预筑于万历皇帝的青年时代。据申时行后来说，这一建议始创于1583年张四维做首辅的时候，当时皇帝还不足20岁。但这建议一经提出，他立即欣然同意，并亲自参与地址的选择和工程的设计。他当然不是认为自己去死不远，而是踌躇满志地感到他已经不折不扣地取得了列祖列宗的地位，足以让千秋万岁之后的人们崇敬。同时，他虽然年未二十，但是已为人父，而且御宇已经10年，具有足够的资格承当这一光荣。
这次预筑陵寝的工程和别项工程不同，差不多完全没有廷臣劝谏。惟一的争执在于风水问题，已如上文所述。最后由于皇帝定衷独断，才平息了这场纠纷。争论者没有想到，平日他们以道德的名义解决技术问题，现在却要用技术的名义去解决道德问题，只是皇帝以秦始皇和骊山为例，不肯过于讲究，以致坚持风水的人，不能继续用这个名目作党争的根据。
筑陵是本朝大事，有司职责所系，于是组成了一个类似于委员会的机构，成员有尚书三人、司利监太监和高级军官数人，总其成的是定国公徐文壁和首辅申时行。军官之所以参加这个机构，是由于大量的土木工程需要兵士的体力。徐文壁是开国勋臣徐达之后，各种重要的礼仪都少不了由他领衔，而全部的掌划经营无疑还要由申时行一力承担。到1587年，申时行已亲赴大峪山督工多次，其尽瘁王事的忠忱，当然会被年轻的皇帝所体会并因此增加对于申先生的信任。
定陵的建筑经过详见于当日工部的记录报告之中，其建筑结构则因1956年的发掘而为400年后的人们所了解。整个看来，玄宫的宗教色彩浓厚。其石制椅案缀饰以帝后的标志如龙凤，其下缘则为莲瓣，乃是佛家传统。其懵懂于下世超生的观念，实际上是一种希望，一种幻想。内中埋藏的金银和资质的面盆固然予人以现实化的感觉；可是木雕的人涌马匹却又只有玩具一样大小，显示着筑陵的人将“长生不死”的观感，认作一种心理状态，只能于半信半疑问得之。
今天，有思想的观光者，走进这座地下宫殿的玄官，感触最深的大约不会是这建筑的壮丽豪奢，而是那一个躺在石床中间、面部虽然腐烂而头发却仍然保存完好的骷髅。它如果还有知觉，一定不能瞑目，因为他心爱的女人，这唯一把他当成一个“人”的女人，并没有能长眠在他的身旁。同时，走近这悲剧性的骸骨，也不能不令人为这整个帝国扼腕。由于成宪的不可更改，一个年轻皇帝没有能把自己创造能力在政治生活中充分使用，他的个性也无从发挥，反而被半信半疑地引导进这乌有之乡，充当了活着的祖宗。张居正不让他习字，申时行不让他练兵，那么他贵为天子并且在年轻时取得了祖宗的身份，对事实又有什么补益？富有诗意的哲学家说，生命不过是一种想象，这种想象可以突破人世间的任何阻隔。这里的地下玄宫，加上潮湿霉烂的丝织品和胶结的油灯所给人的感觉，却是无法冲破的凝固和窒息。他朱翊钧生前有九五之尊，死后被称为神宗显皇帝，而几百年之后他带给人们最强烈的印象，仍然是命运的残酷。
至于首辅申时行，他在监督定陵工程的时候究竟产生过多少感想，又产生过多少感慨，在留传到今天的官方文件上自然是查不到的。我们所能看到的是申时行在参与了破土典礼以后给皇帝的祝辞：“永绥列圣之神灵，预卜万年之兆域。”我们还能看到的是他在1586年举行正殿上梁典礼以后给皇帝的祝辞：“爱厮升栋之辰，适应小春之候。先期则风和日暖，临时则月朗星辉。臣工妹舞以扬体，民庶欢呼而趋事。”这些辞藻上的对偶和华丽表现了想象中的至美至善，但是皇帝和他的老师彼此也都明白，对这样的文字不能过于认真。因为其时陵墓工程已延续多年，其耗用的财力已使国库受到影响，而征用的军民人力，也应当使“欢呼而趋务”者感到了难以解脱的痛苦。1587年即万历十五年国史上记有这么一条：“赔寿宫工人汤药及老弱饥号难以回乡者路费。”这条通令不可能未经皇帝和总揽工程的首席大学上过目，但是所谓赏赐是否确实发下，发下的数字又是否足敷使用，则无从证实了。
未审问。及至开庭审问之日，这两个校尉则给维持秩序的文官所阻挡，不得入内参与分听。
如是情状据实报告到皇帝跟前，致使龙颜大怒。万历对于大常寺和大兴县的冲突并无兴趣，他所以震怒，乃是文官们拒绝校尉旁听，明明是故意和他过不去，因之已不能对此表示沉默。于是他一面让宦官口传圣旨向文渊阁提出质问，一面声称他要把这一案件移交东厂镇抚司审问。这时，首辅申时行又以和事佬的身分出现，劝说李世达向皇帝赔礼道歉。李世达照此办理，皇帝因而得以保全面子，取得了精神胜利。可惜的是这精神上的胜利维持的时间未免过短，几个月之后，文臣们又找到了管理东厂宦官张鲸的差错，群起而攻之。
检举张鲸的奏章中指斥他与某些文官勾结，并且接受贿赂。其所列举的罪状看来都凿凿有据，只是当时勾结为奸，纳贿贪财的一段罪状也可以加之于许多高级廷臣身上，写奏呈的人似乎全米计及。张鲸事后感慨，由于他的嘴巴说话太多，所以才招致了那么多的攻击，不能算是事出无困。只是根本的原因还是在于机构本身，其职务与文臣的利害相违。万历一朝的冲突，文臣占优势，与天启朝厂卫跋扈、提骑气焰冲天的情形恰为尖刻的对照。
起初，万历皇帝还没有意识到事态的严重，他以为对张鲸作一番口头申斥就足以了事。廷臣见参劾无效，索性一不做二不休，准备参劾全部的大学士。以造成张鲸不除、内阁也别想安生的舆论压力。由于群情鼎沸，万历只好承认失败，把张鲸免职。据当时接近皇帝的人透露，这件事曾使皇帝大为伤心。但就在张鲸将去未去之时，尚有一个下级官员不知道皇帝已经屈服，竟然又上了一个奏本，说张鲸如此难去，想必是皇帝陛下也接受了他的贿赂。这种无礼的奚落使这位官员挨了六十廷杖，但是年轻的皇帝却为此而更加心灰意懒。他本来已经对早朝和经筵感到极度厌倦，至此他拿定主意，今后再也不愿意公开接见这些不诚实的、口是心非的臣僚了。他隐居在深宫里，唯一能和他呼吸相通、忧患与共的就是贵妃郑氏。
多年之后，申时行辞职家居，追思往事，他既不埋怨皇上，也不指责自己。他在著作中只是提到了年轻人不知世务，轻举妄动，以致弄得事情不可收拾。他回忆起在他担任首辅八年半的时间中，曾经有过一个绝好的机会禁助皇帝成为尧舜之君。此即1585年张居正一案落实之后、1586年初常询尚未出生之前的几个月。然而这机缘却又这样地短暂，他稍一忽视，就一去而不可再得。
当时的万历皇帝真是精神焕发、励精图治；对申先生提出的要求也全力以赴，极为难得。在我们形式化的政府中，表面即是实质。皇帝既能热心参与各种典礼，就充分表示了他的诚意，足以策励臣工趋向勤俭笃实。申时行只要闭起眼睛，就立刻会在记忆中浮起当年皇上步行折雨的一幕情景。这件事发生于1585年，岁次乙酉，即当日“万历之治”可能成为现实的短时间内。
这次祈雨与往常不同。在经过的仪式中，万历第一次也是最后一次向普天之下表示了他关心民痪的诚意。1584年入冬以来，北京一带就缺少雨雪。次年春夏之间亢导更甚，河流见底，并中无水可汲。御前对此极为焦虑，在命令各个地方官求雨无效之后，他决定亲自向上天祈祷。所采用的祈祷的仪式，一部分由礼部在档案中参考成例草拟，但具体细节却出于皇帝御制，比如要求全体人员徒步走赴天坛围丘而置轿马于不用，就完全是他自己的主意。
仪式举行的前三天，皇帝已经斋戒、前一天，他又在宫中奉先殿默告祖宗，随后又面禀慈圣太后。致上天的表文则亲笔称臣签上朱翊钧的名字，先一日送至南郊神库。
阳历5月16日黎明，皇帝驾到皇极门，他的卫士和随从排开成为一个长方形的队伍。此时礼官报告，各官在大明门整队已毕，皇帝就开始步行出发。
北京的居民从来没有看到过这样在严而朴素的仪式。所有的人员，包括皇帝、文武百官和宦官，一律穿蓝色布袍，颈部和下缘以黑布镶边，平日的金银玉带此时全部不用而代之以牛角带。旗帜和乐队也概行免去。大街左边是两千名文官，右边是两千名武官，都列成单行两相对称，浩浩荡荡，和皇帝一起步行前往天坛。
这些幸运的居民得到了一生中唯一的机会亲眼看到了当今天子。祈雨的队伍经过大街，一切交通当然需要暂停。但是天子平时出行时采取的“除道”措施，即要求全部店铺关门、行人敛迹的规定，这次却免予执行。这也是皇恩浩荡，允许小民有一睹天颜的机会。居民们所看到的万历皇帝是一个相貌端正的年轻人，脸圆须短，身材稍胖。他以如此虔诚的姿态迈着稳重的步伐，使看到的人无不为之感动。
对万历皇帝来说，这十里之遥的长途步行当然不是一件轻松的事情，因为这是他有生以来第一次的如此跋涉，而且当时的天气已愈来愈热。
天坛回丘在北京城南部，为今上的祖父嘉靖皇帝在1530年所建。万历皇帝在这同心圆的最下一层石阶上跪下祈祷，上香之后，又向上天叩头4次。文武百官列队站立在南墙之外，当皇帝跪拜时，赞礼官在暗亨门传赞，百官也依样跪拜如仪。
行礼既毕，皇帝召集大学士、六部尚书和其他高级官员在左权星门外所设的帐篷内发表训辞。万历声称，天时亢旱固然是由于他本人缺乏德行，但同样也是贪官污吏克剥小民、上干天和的结果。现在务必要改弦更张，斥退坏人，引用好人。申时行即席代表全体官员致答辞，声称臣等奉职无状，以致天降抗旱。皇上代表全体臣民祈祷，当然会上格天心。如果还有官吏不能抑体皇上的诚意，臣等一定要严加申饬。万历当即指示把这种要旨公之于天下。1585年5月16目的敕文就体现了这个指示。被文告诫贪赃枉法、酷害百姓的官吏必须痛加改悔，绝不能再把中枢的命令示为具文，如有违不奉行者，定当严惩不贷。同时万历又命令户都在灾害严重的地区免征赋税一年。
仪式结束，准备起驾回它，宦官们让御轿抬到万历跟前，但他坚决不坐，仍和百官步行回宫。这支队伍人数众多，起止需时，到达大明门已经是下午最炎热的时候。队伍刚刚解散，兵部的一个主事就迫不及待地从袖子里抽出一把折扇使劲地挥动。负责纠察的御史发现这一情状，认为其时虽然已经散队，但此人如此不能忍耐，仍然属于失仪。为此这位主事被罚停半年。
申时行侍奉皇帝到皇极门，然后叩头退下。临行时他向万历致以慰问，万历则答林‘先生劳苦”日对这时候首辅固然既饥且渴，极度疲惫，但是相比之下皇帝的任务要更为劳累，他还要到奉先殿去向列祖列宗汇报，汇报完毕还要参见慈圣太后。
申时行不能算是一个迷信的人，从各种记录上都看不出他相信通过占卜祈祷的方式就可以和宇宙的神秘的力量有所来往。他在一次给万历的妻章上说“臣等不习占书，不知事验”足以清楚地说明了他的态度。同时，也不能认为万历是一个过度迷信的人。在选择皇帝陵寝的过程中，廷臣曾因风水问题，展开了激烈的争辩，最后万历表示“当日秦始皇在俪山筑陵，何尝不讲究风水。从这一达观的态度来看，他对风水的信仰，也只能在若有若无之间。
但是迷信与非迷信，其间的分野也可能极为模糊。例如，当一个人强迫自己对一件事情、一种前途建立信念，则其与宗教式的皈依就相去极微。因为凡是一个人处于困境，他就不愿放弃任何足以取得成功的可能性，即使这种可能性极为渺茫，没有根据，他也要把它作为自己精神上的寄托。在这1585年亢旱的初夏，朝廷上下的情形就和此种情况极为接近。当时一天过去又是一天而仍然是骄阳酷日，人们的焦虑也就达到了最大限度。因为每一个人都知道，皇帝的宫廷不能永远建立在一个土地干得发裂的京城里。皇帝亲自出动，以最虔诚的态度和最庄严的仪式向上天求雨，不论是出于迷信，或者其动机是维系人心，最低限度表示了事情并未绝望。希望就产生于这种人为的奋斗之中。他的挣扎，他的自我责备，以及他对臣僚所作的爱民的训示，都可以安慰困窘中的人心，有如一眼清凉剂。他的政府一向认为精神的力量超过实际，因此他这次求雨即是做皇帝克尽厥职的最高表现。
最后，一场甘霖有如千军万马，突然降临到人间。最初是雨中带雹，旋即转为骤雨，稍停以后又是一阵骤雨，雨势一直延续到第二天。这场雨发生在阳历6月12日，距离皇帝徒步天坛求雨已将近一月，但是任何人也不敢妄议这不是圣心感动上苍的结果。皇帝自己也当仁不让，兴高采烈地命令百官感谢上苍的恩典。首席大学士也为他感到高兴，因为在这时候，万历皇帝可以在精神上引以为自慰和自满的机会已经不是很多了。
申时行理解万历的感情，同情他的处境，但是他和其他文臣一样，仍认定皇帝的职分应当在宫殿之内，除了行礼如仪之外，他不应当置身于其他事情之中，以生轻妄的观感。比如说万历想亲自操练兵马，申时行就会和其他文官合作，竭力阻止。朱翊钩是否有军事天才？这一问题没有历史家能够解答，我们所知道的，则是他即使有任何创造的能力，也因为他身着龙袍，贵为天子，而无法施展表现。而在阻止他发挥个性的群臣中，首席大学士申时行的力量虽不显著，却极为重要。
文官们阻止万历亲自操练兵马，他们自认有历史上的先例，因为本朝除了开基创业的祖宗以外，御驾亲征的事例极少。最近一百年内仅仅有一个正德皇帝做过这样的事情，而正德的行动，又被公认为离开了传统的轨道。为人君者，就应该安居垂裳，所以不仅练兵要遭到反对，就是外出旅行也应该在限制之列。今上的祖父嘉靖皇帝一生，仅在1539年一度回到湖广承天府巡视过他的出生之地，此后的27年中就没有离开北京一步。父是隆庆在位5年余，仅仅到京郊谒陵一次，而且为时只有4日。而万历在1583年春天到1585年夏天却已谒陵4次，这毫无疑问是过于频繁了。
尤其使群臣为之不安的是，谒陵这个庄严的典礼竟成了皇帝督视内操的借口。谒陵的随从武装是御林军。这支军队当年经过张居正的同意而在1581年建立，驻在京城东北角，受御马监太监的节制。近年来，这支部队的兵员倍增，训练加紧，每天黎明以前，马队在街上的铁蹄声每每把居民的好梦惊醒。1584年夏天，一个酷暑蒸人的日子，皇帝亲自在皇城内观看御林军的射箭比赛，比赛延续到傍晚才宣告结束。好几个宦官因为受不了酷日的煎炙而晕倒，而皇帝却依旧神清体健。文官们对皇帝过人的精力毫不欣慰，反而接二连三地送上奏本，指责内操的不当。劝说无效，他们就对申时行施加压力，希望首辅运用他的影响使这种操练停止。
从法制上讲，廷臣所提出的冷谏是否具有成宪的根据则很难概说。本朝从没有宣布过皇帝不能亲率禁军。永乐皇帝所用过的长矛一直供奉在午门楼上，就是皇帝带兵的实证。自力正德皇帝的行动虽然大于物议，然而他始终没有向舆论低头。而且以前皇帝的御林军都属于宦官管辖，就此一点，今上的措施也就无法直接批判。因此，文官们只能举出一些道德上的理由，例如兵凶战危，皇上舞剑弄枪有损承平气象等等，其所用辞语显然不能中肯。
然而文官们的意见又岂能完全忽视？他们是本朝政府的支柱。全部文臣既以伦理哲学作为基础推行了现今的统治方式，当然讨厌皇帝亲率禁军，造成文武均衡甚至武高于文的局面。只因为他们又个个都是忠臣，不便站在对等的地位去和皇帝谈判，更不能借势要挟。然则这些不便不能之处却役有使他们放弃初衷，即作净谏时，他们胸中有数，意志坚决，目的不达，决不甘休。
老成练达的申时行善于洞察事情的阴和阳。他知道，道德不过是借口，问题的症结是廷臣的安全感。真相既明，他就采取最有效的方式来解决问题。他不事张扬，悄悄地和宦官们谈判。他后来写下的文章，阐述了此中奥妙。申阁老此时质问御马监的诸宦官：几千个官兵带着武器在皇帝身旁，谁能保证他们中间没有人参与做坏事的阴谋？万一有变，其他警卫人员救护不及，谁负得起这样重大的责任？诸位身为将领，又岂能置身事外？首辅还可能在此时提出江彬的先例，用本朝的历史，引证凡是和文官集团公开作对的人，没有一个能得到善终。即使是皇帝最亲信的人，迟早也会被大众清算。这一番危言耸听的游说取得了预期的效果，用申时行自己的话来说，就是“诸档辣然”
带兵的宦官既已为申时行的言辞所震慑，他们不再愿意参与内操，转而劝说皇帝放弃亲率禁军。这种釜底抽薪的对、法，为效极显；而且皇帝不是一个没有理智的人，他知道如果坚执己意，他和臣下的冲突势必与他叔祖正德一朝的情况相类似。他既不愿意走此极端，迟早就得让步，所以从这时起他就对禁军逐渐不加过问。1585年之后，御马监勇士相次为人遗忘，禁军这一组织也就逐渐于无形中瓦解。
申时行以办理外交的方式来主持内政，御林军事件的顺利结束，更证明了这种方式确实卓有成效。他欣赏自己“从中调剂，就事匡维”这一处世和执政的原则，对待皇帝的办法则是“显谏者不若潜移为妙”因为这种办法既对皇帝的权威无损，而臣下的目的又可以达到，这比之于臣下在奏章上奚落昏庸的皇帝，而皇帝用荆条痛打犯上的群臣总要高明得多。申时行所始料未及的，就是万历皇帝比他申先生又更高一手，他看透了这种斗争的真情实相，知道自己生气都属无效，莫若用“无为”的办法，对付所有的纠缠，因之他的消极也越来越彻底了。
自从1585年以后，万历除了仅仅于1588年对自己的定陵再度视察过一次以外，30多年，他没有走出过紫禁城一步，创造了自古至今的最高纪录。
皇帝离开京城不到百十里竟然会成为一个严重问题，也是当日国家组织的特别现象。万历于1583年至1585年之间的四次谒陵，其真正的目的是在寻觅及视察他自己的葬身之地。然则既要经过祖墓的附近，渴祭即不可免。既为谒陵，种种仪式自然应当周到齐备。因之每次出发以前，利部必须斟酌成例，拟订各种详情细节，有的陵墓由皇帝亲自祭谒，有的则由驸马等人代为行礼。御驾每次出动，京城立刻戒严，每一座城门都由一位高级文臣和武将共同把守。皇弟潞王当时尚未成年，他的任务是把铺盖搬到德胜门的城楼上居住，密切监视御驾必经之路。这支谒陵队伍声势十分浩荡显赫，其中有陪同皇帝的两位皇太后和皇后皇妃，加上随从的宦官宫女、文官武将、大汉将军、御马监勇士、京军等等，人数多达几千。到了郊外，皇帝及其家属住在佛寺里，对其他随从人员则临时搭盖帐篷以供休息住宿，这一切要先期准备周详，不能少有差错。
在这几十里的道途上，一些地方官、青老以及学校的教官被引导在御前行礼。皇帝对他们慰勉有加，并宣布他所经过的地区免税一年，以酬答当地居民对他这一行所作的供奉。
这样的队伍和排场，两年半之内要组织四次，延臣就感到是过于频繁了。于是，使皇帝扫兴的事情就纷至沓来。北方边镇驰报蒙古部落颇有蠢动的征象，叩清御驾谨慎小心；利部的官员据此坚请皇帝缩短出行的时日。有一次，皇帝的侍卫旁边发生逸马狂奔的非常事件，又有一次有若干文官误入禁地，这些都由御史据实奏报御前，以期引起应有的警惕。经过这些周折，本来应该是很愉快的小事游想已全无乐趣之可言。1589年万历曾经表示还想出巡一次，监察官听到以后立刻上书净谏。他们说，皇上已经感到自己火气过旺，必须放弃早朝以事休养，那么就更不应该出城游玩而使火气增加。皇帝读完这些奏章，从此就没有再提出巡一事。
万历所巡视的为自己领筑的陵墓动土于1584年的夏季。这项巨大的工程微妙地体现了把皇帝不当作一个有血有肉的人，而把他当作一种机构的看法。万历皇帝缺乏坚强的意志和决心，但并不缺乏清醒和机灵的头脑，然而他竟欣然接受了这种精神上的活埋。
陵墓内的葬室筑有停放样官的石床。石床上留出来的位置共有三个，除了皇帝和皇后以外，还有一个位置留给下一代皇帝的生母。万历目睹之余，不禁感慨系之。他所心爱的女人即使不能在生前成为皇后，在死后也应当陪伴在他的身旁。否则，他和世界上唯一能够合相印的女人在皇城的寺院里双双桥涛又所为何来呢？朱翊钧在生之日有妃嫔数十，宫女无数，可是与皇贵妃郑氏始终形影不离。可见生死同心，是他们的宿愿。这样美好的宿愿又是否能成为现实呢？当日皇帝想到这些，这大峪山的工程，就又和立储一事相始终而不可分割了。
皇帝在世之日预筑陵寝，在本朝有洪武、永乐、嘉靖三朝的成例可援。其不同之处，在于定陵竟然预筑于万历皇帝的青年时代。据申时行后来说，这一建议始创于1583年张四维做首辅的时候，当时皇帝还不足20岁。但这建议一经提出，他立即欣然同意，并亲自参与地址的选择和工程的设计。他当然不是认为自己去死不远，而是踌躇满志地感到他已经不折不扣地取得了列祖列宗的地位，足以让千秋万岁之后的人们崇敬。同时，他虽然年未二十，但是已为人父，而且御宇已经10年，具有足够的资格承当这一光荣。
这次预筑陵寝的工程和别项工程不同，差不多完全没有廷臣劝谏。惟一的争执在于风水问题，已如上文所述。最后由于皇帝定衷独断，才平息了这场纠纷。争论者没有想到，平日他们以道德的名义解决技术问题，现在却要用技术的名义去解决道德问题，只是皇帝以秦始皇和骊山为例，不肯过于讲究，以致坚持风水的人，不能继续用这个名目作党争的根据。
筑陵是本朝大事，有司职责所系，于是组成了一个类似于委员会的机构，成员有尚书三人、司利监太监和高级军官数人，总其成的是定国公徐文壁和首辅申时行。军官之所以参加这个机构，是由于大量的土木工程需要兵士的体力。徐文壁是开国勋臣徐达之后，各种重要的礼仪都少不了由他领衔，而全部的掌划经营无疑还要由申时行一力承担。到1587年，申时行已亲赴大峪山督工多次，其尽瘁王事的忠忱，当然会被年轻的皇帝所体会并因此增加对于申先生的信任。
定陵的建筑经过详见于当日工部的记录报告之中，其建筑结构则因1956年的发掘而为400年后的人们所了解。整个看来，玄宫的宗教色彩浓厚。其石制椅案缀饰以帝后的标志如龙凤，其下缘则为莲瓣，乃是佛家传统。其懵懂于下世超生的观念，实际上是一种希望，一种幻想。内中埋藏的金银和资质的面盆固然予人以现实化的感觉；可是木雕的人涌马匹却又只有玩具一样大小，显示着筑陵的人将“长生不死”的观感，认作一种心理状态，只能于半信半疑问得之。
今天，有思想的观光者，走进这座地下宫殿的玄官，感触最深的大约不会是这建筑的壮丽豪奢，而是那一个躺在石床中间、面部虽然腐烂而头发却仍然保存完好的骷髅。它如果还有知觉，一定不能瞑目，因为他心爱的女人，这唯一把他当成一个“人”的女人，并没有能长眠在他的身旁。同时，走近这悲剧性的骸骨，也不能不令人为这整个帝国扼腕。由于成宪的不可更改，一个年轻皇帝没有能把自己创造能力在政治生活中充分使用，他的个性也无从发挥，反而被半信半疑地引导进这乌有之乡，充当了活着的祖宗。张居正不让他习字，申时行不让他练兵，那么他贵为天子并且在年轻时取得了祖宗的身份，对事实又有什么补益？富有诗意的哲学家说，生命不过是一种想象，这种想象可以突破人世间的任何阻隔。这里的地下玄宫，加上潮湿霉烂的丝织品和胶结的油灯所给人的感觉，却是无法冲破的凝固和窒息。他朱翊钧生前有九五之尊，死后被称为神宗显皇帝，而几百年之后他带给人们最强烈的印象，仍然是命运的残酷。
至于首辅申时行，他在监督定陵工程的时候究竟产生过多少感想，又产生过多少感慨，在留传到今天的官方文件上自然是查不到的。我们所能看到的是申时行在参与了破土典礼以后给皇帝的祝辞：“永绥列圣之神灵，预卜万年之兆域。”我们还能看到的是他在1586年举行正殿上梁典礼以后给皇帝的祝辞：“爱厮升栋之辰，适应小春之候。先期则风和日暖，临时则月朗星辉。臣工妹舞以扬体，民庶欢呼而趋事。”这些辞藻上的对偶和华丽表现了想象中的至美至善，但是皇帝和他的老师彼此也都明白，对这样的文字不能过于认真。因为其时陵墓工程已延续多年，其耗用的财力已使国库受到影响，而征用的军民人力，也应当使“欢呼而趋务”者感到了难以解脱的痛苦。1587年即万历十五年国史上记有这么一条：“赔寿宫工人汤药及老弱饥号难以回乡者路费。”这条通令不可能未经皇帝和总揽工程的首席大学上过目，但是所谓赏赐是否确实发下，发下的数字又是否足敷使用，则无从证实了。